Распоряжением ГЛАВСАНУПРА НКПС № 3107/86 от 17.04.1944 и приказом начальника Врачебно — санитарной службы Управления Октябрьской железной дороги от 5 мая 1944 года № 140 на базе Объединённой дорожной поликлиники в здании Витебского вокзала на Загородном проспекте была организована средне — медицинская школа на 70 человек. Отбор учащихся производился из детей железнодорожников, успешно окончивших неполную среднюю школу.

В соответствии с приказом Министерства Здравоохранения СССР от 31.05.1954 года № 98-М Ленинградская Средняя Медицинская школа Октябрьской железной дороги была переименована в Ленинградское Медицинское училище Октябрьской железной дороги. Медицинское училище готовило работников разных специальностей: медицинских сестёр, фельдшеров, лаборантов, зубных техников.

В соответствии с распоряжением Министерства путей сообщения Российской Федерации от 09.02.2004 № 43р ГОУ СПО «Санкт-Петербургское медицинское училище железнодорожного транспорта МПС России» реорганизовано путем присоединения к Государственному образовательному учреждению высшего профессионального образования Петербургский государственный университет путей сообщения МПС России (ПГУПС).

На основании приказа ФГОУ ВПО «Петербургский государственный университет путей сообщения» от 03.05.2011 № 3/ОД Медицинское училище переименовано в Санкт-Петербургский медицинский колледж.

С мая 1982 года колледж располагается в уютном особняке, построенным в конце 19 века архитектором М.А. Макаровым, для учеников мужской гимназии — детей депутатов Русского собрания по адресу: Кузнечный переулок, дом 20.

В настоящее время в здании располагаются аудитории и кабинеты, оснащенные наглядными материалами, фантомами, современным оборудованием, позволяющим успешно готовить конкурентоспособных высококвалифицированных специалистов для лечебно-профилактических учреждений. Все учебные аудитории, читальный зал библиотеки и компьютерный класс обеспечены выходом в Интернет.

Большое внимание в колледже уделяется внеучебной работе. Ежегодно студенты колледжа участвуют в городских студенческих конференциях, проводимых под эгидой Комитета по здравоохранению Санкт-Петербурга, а также Учебно-методическим центром по образованию на железнодорожном транспорте, в региональном этапе Всероссийского конкурса «Профессионалы», Всероссийских олимпиадах. Колледж гордится своими студентами — стипендиатами Правительства Российской Федерации и Правительства Санкт-Петербурга, проявившими особые способности в профессиональном обучении и научно-исследовательской работе.

В коллективе работают 28 преподавателей, из них 2 преподавателя — кандидаты наук, 21 человек имеют высшую квалификационную категорию, 5 человек — первую.

В колледже ведётся подготовка по двум специальностям: «Сестринское дело» и «Лечебное дело».

Профессии медицинской сестры и фельдшера, которые получат обучающиеся Колледжа, являются социально значимыми и остаются одними из самых востребованных не только в нашей стране, но и за рубежом. Поэтому наши специальности приказом Минтруда России от 26.10.2020 № 744, включены в список 50 наиболее востребованных на рынке труда новых и перспективных профессий среднего профессионального образования.